Ce qu'il faut savoir
- Un patient sévèrement immunodéprimé est décédé début octobre aux Hospices civils de Lyon après une infection par le virus Shamonda, première détection documentée chez l'être humain.
- Les autorités françaises privilégient une contamination vectorielle par la piqûre d'un moucheron du genre Culicoides dans l'est de la France.
- Le virus, isolé chez des bovins au Nigeria en 1965, a été détecté pour la première fois en Europe à l'été 2026, notamment en Allemagne, en Suisse et en France.
- Les autorités affirment qu'aucun risque sanitaire n'est identifié pour la population générale et ont notifié l'OMS et l'ECDC.
- Le virologue Yannick Simonin évoque de « nombreuses zones d'incertitude » scientifiques, tout en jugeant le profil immunodéprimé du patient « plutôt rassurant ».
Un patient sévèrement immunodéprimé est décédé début octobre aux Hospices civils de Lyon après avoir été infecté par le virus Shamonda, ont annoncé jeudi 22 octobre 2026 les ministères français de la Santé et de l'Agriculture. Il s'agit de la première détection documentée de ce virus, jusqu'ici connu uniquement chez les animaux, chez un être humain.
« Le virus Shamonda était jusqu'à présent considéré comme non transmissible à l'être humain. L'infection par le virus Shamonda chez ce patient constitue ainsi la première détection documentée et rapportée du virus chez l'être humain », indique le communiqué commun des deux ministères. Le patient, pris en charge pour « une pathologie grave », présentait une immunodépression sévère. Les autorités n'ont pas communiqué son âge, invoquant le secret médical.
Selon les premiers éléments de l'enquête, « les complications cérébrales observées chez le patient immunodéprimé avant son décès seraient très probablement liées à l'infection par le virus Shamonda », précisent les ministères. Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) s'est toutefois montré plus réservé, indiquant que les enquêtes cherchent à déterminer « si le virus a causé ou contribué au décès du patient, et comment l'infection a été contractée ».
L'hypothèse privilégiée à ce stade est celle d'« une contamination par la piqûre d'un moucheron de type Culicoïde dans l'est de la France, territoire rapportant une circulation du virus chez l'animal au printemps/été 2026 », selon le communiqué des autorités. Les informations communiquées ne permettent pas d'établir l'existence d'une transmission interhumaine du virus.
Le virus Shamonda appartient au genre des orthobunyavirus, au sein du sérogroupe Simbu, et est proche du virus de Schmallenberg. Il a été isolé pour la première fois chez des bovins au Nigeria en 1965, avant d'être signalé de manière sporadique chez des animaux en Afrique de l'Ouest, de l'Est et australe, ainsi qu'au Japon. Sa première détection en Europe remonte à l'été 2026, dans des exploitations bovines du sud de l'Allemagne, de Suisse et de l'est de la France. Les bovins sont considérés comme les hôtes principaux ; des cas sporadiques ont aussi été relevés chez des petits ruminants et des équidés.
Interrogé sur ce premier cas, le virologue Yannick Simonin, professeur des universités à Montpellier, a estimé qu'il s'agissait d'un événement « assez surprenant » au regard de plus de soixante ans de circulation animale connue. « Cela pose question sur son potentiel zoonotique, c'est-à-dire sa capacité à passer des animaux à des humains, d'autant plus que l'on a remarqué des mutations par rapport aux souches du virus qui circulaient par le passé », a-t-il déclaré. Il juge toutefois le profil immunodéprimé du patient « plutôt rassurant », rappelant que certains virus peuvent contaminer des personnes immunodéprimées sans infecter des individus dont le système immunitaire est normal. « Je ne pense pas qu'à ce stade, il y a matière pour le grand public à s'inquiéter. Mais il y a matière pour les scientifiques à s'interroger », a-t-il ajouté.
Les autorités sanitaires françaises affirment qu'« au regard des connaissances disponibles sur ce virus, aucun risque sanitaire pour la population générale n'est identifié à ce jour ». Elles ont notifié le cas à l'Organisation mondiale de la santé (OMS) et à l'ECDC. Le directeur de l'OMS a indiqué sur le réseau social X que l'organisation était « en contact avec les autorités françaises qui collectent des informations pour mieux comprendre la source de l'infection chez le premier patient humain, les voies possibles de transmission et tout risque potentiel pour la santé publique ».
Des investigations cliniques, biologiques et épidémiologiques se poursuivent dans une approche « Une seule santé », associant les expertises en santé humaine, animale et environnementale. Selon une information rapportée par la presse, l'infection par le virus Shamonda ne relevant pas de la législation européenne, elle n'est soumise à aucune mesure officielle de surveillance ou de lutte. Les scientifiques soulignent qu'un premier cas humain ne suffit pas à conclure à une adaptation durable du virus à l'espèce humaine ni à une circulation dans la population.